schrodinger.application.mopac.results71 module

A module to parse and store the results of a MOPAC7.1 calculation. It interfaces directly with the Fortran code to populate the output variables from memory.

class schrodinger.application.mopac.results71.MopacResults71

Bases: schrodinger.application.mopac.mopac_results.MopacResults

A class to parse and store the results of a MOPAC7.1 calculation.

MULLIK = 'MULLIK'

ESP = 'ESP'

SUPER = 'SUPER'

UHF = 'UHF'

PLOTESP = 'PLOTESP'

PLOTALIE = 'PLOTALIE'

PLOTALEA = 'PLOTALEA'

scf_OK = 1

scf_FAIL = 2

exit_status_OK = 0

exit_status_FATAL = -1

exit_status_BAD_INPUT = 1

energy_prop = 'r_NDDO_NDDO_Heat_of_Formation'

method_prop = 's_NDDO_SemiEmpirical_Method'

homo_prop = 'r_NDDO_HOMO_Energy'

lumo_prop = 'r_NDDO_LUMO_Energy'

ahomo_prop = 'r_NDDO_Alpha_HOMO_Energy'

alumo_prop = 'r_NDDO_Alpha_LUMO_Energy'

bhomo_prop = 'r_NDDO_Beta_HOMO_Energy'

blumo_prop = 'r_NDDO_Beta_LUMO_Energy'

hardness_prop = 'r_NDDO_Molecular_Hardness'

eneg_prop = 'r_NDDO_Molecular_Electronegativity'

se_tot_prop = 'r_NDDO_Total_Electrophilic_Superdelocalizability'

sn_tot_prop = 'r_NDDO_Total_Nucleophilic_Superdelocalizability'

sr_tot_prop = 'r_NDDO_Total_Radical_Superdelocalizability'

asp_tot_prop = 'r_NDDO_Total_Atom_Self_Polarizability'

dipole_prop = 'r_NDDO_Dipole'

dipole_x_prop = 'r_NDDO_Dipole_X'

dipole_y_prop = 'r_NDDO_Dipole_Y'

dipole_z_prop = 'r_NDDO_Dipole_Z'

dipole_esp_prop = 'r_NDDO_Dipole_ESP'

dipole_esp_x_prop = 'r_NDDO_Dipole_ESP_X'

dipole_esp_y_prop = 'r_NDDO_Dipole_ESP_Y'

dipole_esp_z_prop = 'r_NDDO_Dipole_ESP_Z'

min_esp_prop = 'r_NDDO_Min_ESP_On_Mol_Surface'

max_esp_prop = 'r_NDDO_Max_ESP_On_Mol_Surface'

mean_esp_prop = 'r_NDDO_Mean_ESP_On_Mol_Surface'

mean_pos_esp_prop = 'r_NDDO_Mean_Pos_ESP_On_Mol_Surface'

mean_neg_esp_prop = 'r_NDDO_Mean_Neg_ESP_On_Mol_Surface'

sig_pos_esp_prop = 'r_NDDO_Pos_ESP_Variance_On_Mol_Surface'

sig_neg_esp_prop = 'r_NDDO_Neg_ESP_Variance_On_Mol_Surface'

sig_tot_esp_prop = 'r_NDDO_Tot_ESP_Variance_On_Mol_Surface'

balance_esp_prop = 'r_NDDO_ESP_Balance_On_Mol_Surface'

local_pol_esp_prop = 'r_NDDO_Avg_Abs_Dev_from_Mean_ESP_On_Mol_Surface'

min_alie_prop = 'r_NDDO_Min_ALIE_On_Mol_Surface'

max_alie_prop = 'r_NDDO_Max_ALIE_On_Mol_Surface'

mean_alie_prop = 'r_NDDO_Mean_ALIE_On_Mol_Surface'

mean_pos_alie_prop = 'r_NDDO_Mean_Pos_ALIE_On_Mol_Surface'

mean_neg_alie_prop = 'r_NDDO_Mean_Neg_ALIE_On_Mol_Surface'

sig_pos_alie_prop = 'r_NDDO_Pos_ALIE_Variance_On_Mol_Surface'

sig_neg_alie_prop = 'r_NDDO_Neg_ALIE_Variance_On_Mol_Surface'

sig_tot_alie_prop = 'r_NDDO_Tot_ALIE_Variance_On_Mol_Surface'

balance_alie_prop = 'r_NDDO_ALIE_Balance_On_Mol_Surface'

local_pol_alie_prop = 'r_NDDO_Avg_Abs_Dev_from_Mean_ALIE_On_Mol_Surface'

min_alea_prop = 'r_NDDO_Min_ALEA_On_Mol_Surface'

max_alea_prop = 'r_NDDO_Max_ALEA_On_Mol_Surface'

mean_alea_prop = 'r_NDDO_Mean_ALEA_On_Mol_Surface'

mean_pos_alea_prop = 'r_NDDO_Mean_Pos_ALEA_On_Mol_Surface'

mean_neg_alea_prop = 'r_NDDO_Mean_Neg_ALEA_On_Mol_Surface'

sig_pos_alea_prop = 'r_NDDO_Pos_ALEA_Variance_On_Mol_Surface'

sig_neg_alea_prop = 'r_NDDO_Neg_ALEA_Variance_On_Mol_Surface'

sig_tot_alea_prop = 'r_NDDO_Tot_ALEA_Variance_On_Mol_Surface'

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local_pol_alea_prop = 'r_NDDO_Avg_Abs_Dev_from_Mean_ALEA_On_Mol_Surface'

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fe_prop = 'r_NDDO_Electrophilic_Frontier_Electron_Density'

fn_prop = 'r_NDDO_Nucleophilic_Frontier_Electron_Density'

se_prop = 'r_NDDO_Electrophilic_Superdelocalizability'

sn_prop = 'r_NDDO_Nucleophilic_Superdelocalizability'

sr_prop = 'r_NDDO_Radical_Superdelocalizability'

asp_prop = 'r_NDDO_Atom_Self_Polarizability'

maxat_esp_prop = 'r_NDDO_Max_surface_ESP'

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maxat_alie_prop = 'r_NDDO_Max_surface_ALIE'

minat_alie_prop = 'r_NDDO_Min_surface_ALIE'

maxat_alea_prop = 'r_NDDO_Max_surface_ALEA'

minat_alea_prop = 'r_NDDO_Min_surface_ALEA'

__init__()

Initialize self. See help(type(self)) for accurate signature.

__abstractmethods__ = frozenset()

__class__

alias of abc.ABCMeta

__delattr__

Implement delattr(self, name).

__dict__ = mappingproxy({'__module__': 'schrodinger.application.mopac.results71', '__doc__': '\n A class to parse and store the results of a MOPAC7.1 calculation.\n ', 'MULLIK': 'MULLIK', 'ESP': 'ESP', 'SUPER': 'SUPER', 'UHF': 'UHF', 'PLOTESP': 'PLOTESP', 'PLOTALIE': 'PLOTALIE', 'PLOTALEA': 'PLOTALEA', 'scf_OK': 1, 'scf_FAIL': 2, 'exit_status_OK': 0, 'exit_status_FATAL': -1, 'exit_status_BAD_INPUT': 1, 'energy_prop': 'r_NDDO_NDDO_Heat_of_Formation', 'method_prop': 's_NDDO_SemiEmpirical_Method', 'homo_prop': 'r_NDDO_HOMO_Energy', 'lumo_prop': 'r_NDDO_LUMO_Energy', 'ahomo_prop': 'r_NDDO_Alpha_HOMO_Energy', 'alumo_prop': 'r_NDDO_Alpha_LUMO_Energy', 'bhomo_prop': 'r_NDDO_Beta_HOMO_Energy', 'blumo_prop': 'r_NDDO_Beta_LUMO_Energy', 'hardness_prop': 'r_NDDO_Molecular_Hardness', 'eneg_prop': 'r_NDDO_Molecular_Electronegativity', 'se_tot_prop': 'r_NDDO_Total_Electrophilic_Superdelocalizability', 'sn_tot_prop': 'r_NDDO_Total_Nucleophilic_Superdelocalizability', 'sr_tot_prop': 'r_NDDO_Total_Radical_Superdelocalizability', 'asp_tot_prop': 'r_NDDO_Total_Atom_Self_Polarizability', 'dipole_prop': 'r_NDDO_Dipole', 'dipole_x_prop': 'r_NDDO_Dipole_X', 'dipole_y_prop': 'r_NDDO_Dipole_Y', 'dipole_z_prop': 'r_NDDO_Dipole_Z', 'dipole_esp_prop': 'r_NDDO_Dipole_ESP', 'dipole_esp_x_prop': 'r_NDDO_Dipole_ESP_X', 'dipole_esp_y_prop': 'r_NDDO_Dipole_ESP_Y', 'dipole_esp_z_prop': 'r_NDDO_Dipole_ESP_Z', 'min_esp_prop': 'r_NDDO_Min_ESP_On_Mol_Surface', 'max_esp_prop': 'r_NDDO_Max_ESP_On_Mol_Surface', 'mean_esp_prop': 'r_NDDO_Mean_ESP_On_Mol_Surface', 'mean_pos_esp_prop': 'r_NDDO_Mean_Pos_ESP_On_Mol_Surface', 'mean_neg_esp_prop': 'r_NDDO_Mean_Neg_ESP_On_Mol_Surface', 'sig_pos_esp_prop': 'r_NDDO_Pos_ESP_Variance_On_Mol_Surface', 'sig_neg_esp_prop': 'r_NDDO_Neg_ESP_Variance_On_Mol_Surface', 'sig_tot_esp_prop': 'r_NDDO_Tot_ESP_Variance_On_Mol_Surface', 'balance_esp_prop': 'r_NDDO_ESP_Balance_On_Mol_Surface', 'local_pol_esp_prop': 'r_NDDO_Avg_Abs_Dev_from_Mean_ESP_On_Mol_Surface', 'min_alie_prop': 'r_NDDO_Min_ALIE_On_Mol_Surface', 'max_alie_prop': 'r_NDDO_Max_ALIE_On_Mol_Surface', 'mean_alie_prop': 'r_NDDO_Mean_ALIE_On_Mol_Surface', 'mean_pos_alie_prop': 'r_NDDO_Mean_Pos_ALIE_On_Mol_Surface', 'mean_neg_alie_prop': 'r_NDDO_Mean_Neg_ALIE_On_Mol_Surface', 'sig_pos_alie_prop': 'r_NDDO_Pos_ALIE_Variance_On_Mol_Surface', 'sig_neg_alie_prop': 'r_NDDO_Neg_ALIE_Variance_On_Mol_Surface', 'sig_tot_alie_prop': 'r_NDDO_Tot_ALIE_Variance_On_Mol_Surface', 'balance_alie_prop': 'r_NDDO_ALIE_Balance_On_Mol_Surface', 'local_pol_alie_prop': 'r_NDDO_Avg_Abs_Dev_from_Mean_ALIE_On_Mol_Surface', 'min_alea_prop': 'r_NDDO_Min_ALEA_On_Mol_Surface', 'max_alea_prop': 'r_NDDO_Max_ALEA_On_Mol_Surface', 'mean_alea_prop': 'r_NDDO_Mean_ALEA_On_Mol_Surface', 'mean_pos_alea_prop': 'r_NDDO_Mean_Pos_ALEA_On_Mol_Surface', 'mean_neg_alea_prop': 'r_NDDO_Mean_Neg_ALEA_On_Mol_Surface', 'sig_pos_alea_prop': 'r_NDDO_Pos_ALEA_Variance_On_Mol_Surface', 'sig_neg_alea_prop': 'r_NDDO_Neg_ALEA_Variance_On_Mol_Surface', 'sig_tot_alea_prop': 'r_NDDO_Tot_ALEA_Variance_On_Mol_Surface', 'balance_alea_prop': 'r_NDDO_ALEA_Balance_On_Mol_Surface', 'local_pol_alea_prop': 'r_NDDO_Avg_Abs_Dev_from_Mean_ALEA_On_Mol_Surface', 'mulliken_charge_prop': 'r_NDDO_Mulliken_Charge', 'atomic_charge_prop': 'r_NDDO_NDDO_Charge', 'esp_charge_prop': 'r_NDDO_ESP_Charge', 'fe_prop': 'r_NDDO_Electrophilic_Frontier_Electron_Density', 'fn_prop': 'r_NDDO_Nucleophilic_Frontier_Electron_Density', 'se_prop': 'r_NDDO_Electrophilic_Superdelocalizability', 'sn_prop': 'r_NDDO_Nucleophilic_Superdelocalizability', 'sr_prop': 'r_NDDO_Radical_Superdelocalizability', 'asp_prop': 'r_NDDO_Atom_Self_Polarizability', 'maxat_esp_prop': 'r_NDDO_Max_surface_ESP', 'minat_esp_prop': 'r_NDDO_Min_surface_ESP', 'maxat_alie_prop': 'r_NDDO_Max_surface_ALIE', 'minat_alie_prop': 'r_NDDO_Min_surface_ALIE', 'maxat_alea_prop': 'r_NDDO_Max_surface_ALEA', 'minat_alea_prop': 'r_NDDO_Min_surface_ALEA', '__init__': <function MopacResults71.__init__>, 'structure': <property object>, 'method': <property object>, 'output_file': <property object>, 'set_method': <function MopacResults71.set_method>, 'set_output_file': <function MopacResults71.set_output_file>, 'set_return_code': <function MopacResults71.set_return_code>, 'set_count': <function MopacResults71.set_count>, 'check_key': <function MopacResults71.check_key>, 'set_final_structure': <function MopacResults71.set_final_structure>, 'statusOk': <function MopacResults71.statusOk>, 'get_error_text': <function MopacResults71.get_error_text>, 'write_vis_files': <function MopacResults71.write_vis_files>, '__abstractmethods__': frozenset(), '_abc_registry': <_weakrefset.WeakSet object>, '_abc_cache': <_weakrefset.WeakSet object>, '_abc_negative_cache': <_weakrefset.WeakSet object>, '_abc_negative_cache_version': 49})

__dir__() → list

default dir() implementation

__eq__

Return self==value.

__format__()

default object formatter

__ge__

Return self>=value.

__getattribute__

Return getattr(self, name).

__gt__

Return self>value.

__hash__

Return hash(self).

__init_subclass__()

This method is called when a class is subclassed.

The default implementation does nothing. It may be overridden to extend subclasses.

__le__

Return self<=value.

__lt__

Return self<value.

__module__ = 'schrodinger.application.mopac.results71'

__ne__

Return self!=value.

__new__()

Create and return a new object. See help(type) for accurate signature.

__reduce__()

helper for pickle

__reduce_ex__()

helper for pickle

__repr__

Return repr(self).

__setattr__

Implement setattr(self, name, value).

__sizeof__() → int

size of object in memory, in bytes

__str__

Return str(self).

__subclasshook__()

Abstract classes can override this to customize issubclass().

This is invoked early on by abc.ABCMeta.__subclasscheck__(). It should return True, False or NotImplemented. If it returns NotImplemented, the normal algorithm is used. Otherwise, it overrides the normal algorithm (and the outcome is cached).

__weakref__

list of weak references to the object (if defined)

structure

A Schrodinger Structure object which is populated with output data.

method

Type:str

name of semi-empirical method (i.e. a MOPAC keyword)

output_file

Type:str

name of output file generated by MOPAC.

set_method(value)

set_output_file(value)

set_return_code(value)

set_count(value)

check_key(keyword)

If the given keyword was set in the job specification, return True, otherwise return False.

set_final_structure(structure, filename)

Set the final structure and update the coordinates to match the final geometry.

statusOk()

Check the summary status of the job, looking at SCF status and return code of the main routine.

Return True if all is ok, False if not.

get_error_text()

Get the error text set during the main MOPAC calculation. If there is no error text, returns the empty string.

write_vis_files()

This function is not needed in this API