schrodinger.application.desmond package

Desmond-related modules.

The mdkey and mdc modules are just for the Desmond Panel.

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Subpackages

• schrodinger.application.desmond.antlr3 package
  • Submodules
    • schrodinger.application.desmond.antlr3.compat module
    • schrodinger.application.desmond.antlr3.constants module
    • schrodinger.application.desmond.antlr3.debug module
    • schrodinger.application.desmond.antlr3.dfa module
    • schrodinger.application.desmond.antlr3.dottreegen module
    • schrodinger.application.desmond.antlr3.exceptions module
    • schrodinger.application.desmond.antlr3.extras module
    • schrodinger.application.desmond.antlr3.main module
    • schrodinger.application.desmond.antlr3.recognizers module
    • schrodinger.application.desmond.antlr3.streams module
    • schrodinger.application.desmond.antlr3.tokens module
    • schrodinger.application.desmond.antlr3.tree module
    • schrodinger.application.desmond.antlr3.treewizard module
• schrodinger.application.desmond.enhanced_sampling package
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    • schrodinger.application.desmond.enhanced_sampling.FcnTypes module
    • schrodinger.application.desmond.enhanced_sampling.mexpLexer module
    • schrodinger.application.desmond.enhanced_sampling.mexpParser module
• schrodinger.application.desmond.event_analysis package
  • Submodules
    • schrodinger.application.desmond.event_analysis.pl_image_tools module
• schrodinger.application.desmond.mdpose package
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    • schrodinger.application.desmond.mdpose.mdpose_analysis module
    • schrodinger.application.desmond.mdpose.mdpose_average_structure module
    • schrodinger.application.desmond.mdpose.mdpose_glide module
    • schrodinger.application.desmond.mdpose.mdpose_neutralize module
    • schrodinger.application.desmond.mdpose.mdpose_strain_energy module
    • schrodinger.application.desmond.mdpose.mdposejob module
• schrodinger.application.desmond.packages package
  • Subpackages
    • schrodinger.application.desmond.packages.enhanced_sampling package
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        • schrodinger.application.desmond.packages.enhanced_sampling.FcnTypes module
        • schrodinger.application.desmond.packages.enhanced_sampling.mexpLexer module
        • schrodinger.application.desmond.packages.enhanced_sampling.mexpParser module
    • schrodinger.application.desmond.packages.msys package
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        • schrodinger.application.desmond.packages.msys.molfile package
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        • schrodinger.application.desmond.packages.msys.atomsel module
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        • schrodinger.application.desmond.packages.msys.groups module
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        • schrodinger.application.desmond.packages.msys.reorder module
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        • schrodinger.application.desmond.packages.msys.thermalize module
        • schrodinger.application.desmond.packages.msys.update module
        • schrodinger.application.desmond.packages.msys.validate module
        • schrodinger.application.desmond.packages.msys.vdw module
        • schrodinger.application.desmond.packages.msys.wrap module
    • schrodinger.application.desmond.packages.viparr1 package
      • Subpackages
        • schrodinger.application.desmond.packages.viparr1.plugins package
          • Submodules
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            • schrodinger.application.desmond.packages.viparr1.plugins.exclusions module
            • schrodinger.application.desmond.packages.viparr1.plugins.impropers module
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            • schrodinger.application.desmond.packages.viparr1.plugins.pairs_lj module
            • schrodinger.application.desmond.packages.viparr1.plugins.polarizable module
            • schrodinger.application.desmond.packages.viparr1.plugins.propers module
            • schrodinger.application.desmond.packages.viparr1.plugins.screening module
            • schrodinger.application.desmond.packages.viparr1.plugins.sparsify_exclusions_and_pairs module
            • schrodinger.application.desmond.packages.viparr1.plugins.torsion_torsion module
            • schrodinger.application.desmond.packages.viparr1.plugins.ureybradley module
            • schrodinger.application.desmond.packages.viparr1.plugins.vdw1 module
            • schrodinger.application.desmond.packages.viparr1.plugins.vdw1_14 module
            • schrodinger.application.desmond.packages.viparr1.plugins.virtuals module
        • schrodinger.application.desmond.packages.viparr1.systest package
          • Submodules
            • schrodinger.application.desmond.packages.viparr1.systest.systest module
        • schrodinger.application.desmond.packages.viparr1.viparr package
          • Submodules
            • schrodinger.application.desmond.packages.viparr1.viparr.alchemical_map module
            • schrodinger.application.desmond.packages.viparr1.viparr.elements module
            • schrodinger.application.desmond.packages.viparr1.viparr.fep module
            • schrodinger.application.desmond.packages.viparr1.viparr.isomorph module
            • schrodinger.application.desmond.packages.viparr1.viparr.iviparr module
            • schrodinger.application.desmond.packages.viparr1.viparr.maeview module
            • schrodinger.application.desmond.packages.viparr1.viparr.version module
            • schrodinger.application.desmond.packages.viparr1.viparr.viparr module
            • schrodinger.application.desmond.packages.viparr1.viparr.viparr_merge module
            • schrodinger.application.desmond.packages.viparr1.viparr.viparr_plugins_util module
            • schrodinger.application.desmond.packages.viparr1.viparr.viparr_residue module
            • schrodinger.application.desmond.packages.viparr1.viparr.viparr_util module
  • Submodules
    • schrodinger.application.desmond.packages.analysis module
    • schrodinger.application.desmond.packages.cui module
    • schrodinger.application.desmond.packages.energygroup module
    • schrodinger.application.desmond.packages.gdesmond_utils module
    • schrodinger.application.desmond.packages.timer module
    • schrodinger.application.desmond.packages.topo module
    • schrodinger.application.desmond.packages.torsion_related module
    • schrodinger.application.desmond.packages.traj module
    • schrodinger.application.desmond.packages.traj_util module
    • schrodinger.application.desmond.packages.viparr module
• schrodinger.application.desmond.starter package
  • Subpackages
    • schrodinger.application.desmond.starter.generator package
      • Submodules
        • schrodinger.application.desmond.starter.generator.fep_plus module
    • schrodinger.application.desmond.starter.ui package
      • Submodules
        • schrodinger.application.desmond.starter.ui.cmdline module
        • schrodinger.application.desmond.starter.ui.fep_plus module
        • schrodinger.application.desmond.starter.ui.multisim module
  • Submodules
    • schrodinger.application.desmond.starter.starter module

Submodules

• schrodinger.application.desmond.ana module
• schrodinger.application.desmond.autopartition module
• schrodinger.application.desmond.bennett module
• schrodinger.application.desmond.cms module
• schrodinger.application.desmond.cns_io module
• schrodinger.application.desmond.config module
• schrodinger.application.desmond.correlation_tau module
• schrodinger.application.desmond.cwidget module
• schrodinger.application.desmond.deltaE module
• schrodinger.application.desmond.desmond_advanced_tab_ui module
• schrodinger.application.desmond.energygroup module
• schrodinger.application.desmond.enhsamp module
• schrodinger.application.desmond.envir module
• schrodinger.application.desmond.fep_constants module
• schrodinger.application.desmond.fep_edge_data module
• schrodinger.application.desmond.fep_edge_report_maker module
• schrodinger.application.desmond.fep_gui module
• schrodinger.application.desmond.fep_mapping module
• schrodinger.application.desmond.fep_net_charge module
• schrodinger.application.desmond.fep_reporter module
• schrodinger.application.desmond.fep_scholar_msj_generator module
• schrodinger.application.desmond.fep_scholar_rules module
• schrodinger.application.desmond.fep_scholar_util module
• schrodinger.application.desmond.fep_struc module
• schrodinger.application.desmond.fep_util module
• schrodinger.application.desmond.fepana module
• schrodinger.application.desmond.fepdiff module
• schrodinger.application.desmond.feputils module
• schrodinger.application.desmond.ffiostructure module
• schrodinger.application.desmond.frag_snap module
• schrodinger.application.desmond.gaussian_filter module
• schrodinger.application.desmond.gchart module
• schrodinger.application.desmond.gconfig module
• schrodinger.application.desmond.gui module
• schrodinger.application.desmond.guide module
• schrodinger.application.desmond.icon module
• schrodinger.application.desmond.input_group_ui module
• schrodinger.application.desmond.maestro module
• schrodinger.application.desmond.mapper_msj_generator module
• schrodinger.application.desmond.mdkey module
• schrodinger.application.desmond.measurement module
• schrodinger.application.desmond.memory_estimate module
• schrodinger.application.desmond.meta module
• schrodinger.application.desmond.move_alchem_ions module
• schrodinger.application.desmond.mplchart module
• schrodinger.application.desmond.picklejar module
• schrodinger.application.desmond.platforms module
• schrodinger.application.desmond.predict_remd_temp module
• schrodinger.application.desmond.process_fep_traj module
• schrodinger.application.desmond.r_group_asl module
• schrodinger.application.desmond.remd module
• schrodinger.application.desmond.reorder_atom module
• schrodinger.application.desmond.repair_cms module
• schrodinger.application.desmond.replica_dE module
• schrodinger.application.desmond.replica_exchange_review module
• schrodinger.application.desmond.replica_sid_generator module
• schrodinger.application.desmond.report_helper module
• schrodinger.application.desmond.rest_inp module
• schrodinger.application.desmond.rest_tab_ui module
• schrodinger.application.desmond.simulation_block_data module
• schrodinger.application.desmond.simulation_block_test module
• schrodinger.application.desmond.smarts module
• schrodinger.application.desmond.struc module
• schrodinger.application.desmond.system_builder_inp module
• schrodinger.application.desmond.system_builder_util module
• schrodinger.application.desmond.systype module
• schrodinger.application.desmond.title_to_hex module
• schrodinger.application.desmond.util module
• schrodinger.application.desmond.xvfbwrapper module